Mit dem Sonderpreis „Milena Jesenská“ wird ein deutscher oder ein tschechischer Beitrag ausgezeichnet, der sich in herausragender Weise der Zivilcourage und der multikulturellen Verständigung und Toleranz zwischen beiden Ländern und ihrem Zusammenleben in Europa widmet und einen aktuellen Gegenwartsbezug hat. Mit dem Sonderpreis können Beiträge aller drei Kategorien ausgezeichnet werden. Auf den Sonderpreis kann man sich nicht bewerben. Die drei Jurys (Text, Audio, Multimedia) nominieren jeweils einen tschechischen odereinen deutschen Beitrag und wählen aus den Nominierungen dann den Preisträger aus.
Der Sonderpreis "Milena Jesenská" ist mit 2000 Euro dotiert.